次氯酸钠放入水中后会水解，产生有效氯的反应。当有效氯与水中微生物反应完成后，剩余的有效氯就是余氯，这也是很多污水处理厂困惑的问题。流出物中应该保留多少余氯？余氯越高越好。当高余氯进入天然水中时，会产生不良的消毒副产物DBPs，很常见的三卤甲烷和卤乙酸，以及NDMA。同时，在污水处理厂的成本控制中，消毒剂也是很大一部分成本。所以每一个使用次氯酸钠消毒的污水处理厂，都需要在选择合理的用量上下功夫。